På Galapagosöarna finns 60 olika platser som är öppna för turister. Under en kryssning besöker man oftast två av dessa per dag. Nedan kommer en beskrivning av de vanligaste öarna och vad man kan förväntas se på dem.

San Cristóbal
Detta är en ganska stor ö som ligger i den östra delen av arkipelagen. Högsta toppen är 730 meter. Här finns Galapagos huvudstad som heter Puerto Baquerizo Moreno. Här kan man förvänta sig att se sjölejon, pälssjölejon, havsleguaner, lavaödlor samt en hel del fåglar som fregatter, blåfotad sula, Darwinfinkar, rubintyrann, och den endemiska San Cristóbalhärmtrasten.

North Seymour
En liten platt ö som endast når 45 meter över havet som högst. Den ligger ganska centralt i den norra delen. Här finns stora kolonier av olika fågelarter som till exempel magnifik fregattfågel, svalstjärtad mås och blåfotad sula. Här finns också sjölejon, land- och havsleguaner samt de endemiska palo santoträden.

Espaiñola (Hood)
Längst i sydöst ligger denna ö med en höjd på 206 meter. Den är mycket eroderad med fantastiska klippor. Detta är den enda ön med albatrosser. Det finns också sjölejon, lavaödlor, röda och svarta havsleguaner, Nazcasula, den största kolonin med blåfotad sula, Españolahärmtrast och Darwinfinkar.

Santa Cruz (Indefatigable)
Arkipelagens näst största ö med en högsta höjd på 864 meter. Här hittar man alla de sju vegetationszoner som finns på Galapagosöarna.
Den största befolkningen på öarna bor här i staden Puerto Ayora. Här kan man komma ikapp med världen utanför eftersom här finns internetcaféer, bank och uttagsautomat. Här finns också flera pubar och restauranger, affärer samt ett flertal hotell.
För den som bor på ön finns ett stort urval av aktiviteter som till exempel vandring, dykning, cykling och havskajaking. Man kan också besöka Charles Darwin Research Station med sin uppfödning av landsköldpaddor.
I högländerna på ön finns vilda landsköldpaddor, havsleguaner och många fågelarter som till exempel hägrar, änder, vadare, Darwinfinkar (9 olika), rubintyranner och härmtrastar.

Floreana (Charles eller Santa Marí­a)
Ön ligger i söder och var den ö som de första människorna kom till. Här höll pirater, valfångare och också "vanligt" folk till. Ön visar upp lämningar efter långvarig vulkanisk aktivitet. Här ses mycket sjöfågel som till exempel flamingos, hägrar, änder och vadare. Här är bra snorkling med rockor, havssköldpaddor och Galapagospingviner. Här finns också många lämningar efter de människor som bodde på ön på 1800-talet.

Fernandina (Narborough)
Längst i väster ligger denna ö som är yngst av alla och med en högsta höjd på 1 494 meter. Ön består av en vulkan som fortfarande är aktiv och ibland får man till och med vara med om ett litet utbrott. Denna ö är helt unik eftersom här inte finns några introducerade däggdjur. Här finns tidvattenpooler som sjuder av marint liv. Kolonierna med havsleguaner är mycket stora och det finns möjlighet att snorkla med dem. Här finns också sjölejon, Galapagospingviner, Galapagosormar samt den endemiska Galapagosskarven som faktiskt inte kan flyga.

Isabela (Albermarle)
I väster ligger den största ön i arkipelagen med en höjd på 1 707 meter. Ön består av sex olika vulkaner (Ecuador, Wolf, Darwin, Alcedo, Sierra Negra och Cerro Azul). Så sent som 1954 drabbades denna ö av en vulkanisk landhöjning och det är ett mycket intressant landskap man får se här. Här finns Galapagospingviner, Galapagosskarvar, flamingos, havssköldpaddor och vilda landsköldpaddor samt havs- och landleguaner.

Rá¡bida (Jervis)
Detta är en mycket liten ö som ligger ganska centralt. Högsta höjden är 367 meter. Eftersom marken är mycket rik på järn är sten och sand alldeles röda. Här finns sjölejon, vadare, änder, härmtrastar, duvor, bruna pelikaner och Galapagoshök. Från stranden är det bra snorkling.

San Salvador (James eller Santiago)
Ön ligger centralt med en höjd på 907 meter. Här finns inte så mycket vegetation utan det påminner mer om ett stenlandskap gjort av lava, med ett mycket speciellt kustlandskap. Här finner man många kustfåglar och under fågelflyttningen har man haft många udda arter på besök. Här finns också en koloni med Galapagos pälssjölejon, Galapagoshök, Galapagosduva och Galapagosorm. Här är mycket bra snorkling med en stor mängd fiskar, revhajar, rockor, havssköldpaddor och sjölejon.

Bartolomé
Denna unga lilla ö med en höjd på 114 meter ligger centralt i arkipelagen. Här finns den förmodligen mest fotograferade vyn, Pinnacle Rock. En trätrappa leder upp till utsiktsplatsen där man har vacker utsikt över en stor del av omgivningen. Här finns möjlighet att snorkla med pingviner och sjölejon. Här finns också en "rastplats" för hajar, rockor och havssköldpaddor. Där är det inte tillåtet att snorkla, men man kan se dem från land om man har tur.

Wolf Island och Darwin Island
Längst västerut, norr om Fernandina ligger dessa två öar som de "vanliga" båtturerna oftast inte går till. De båtar som går hit är de som är rena dykbåtar.
Vid öarna är det mycket bra dykning med till exempel hammarhajar och green spotted morays. Har man tur får man lyckan att möta en valhaj.
Dykning vid Galapagosöarna är bara för erfarna dykare. På grund av de strömmar och vindar som finns här, kan förhållandena ändras mycket fort. Strömmarna och sikten kan mycket snabbt förändras.